圣克魯斯于1588年2月9日在里斯本猝死，持續(xù)了62年。圣克魯斯是勒班陀海戰(zhàn)的英雄，從葡萄牙人手中奪回大西洋沖向亞速爾群島的特塞拉海戰(zhàn)的勝利者，以及著名的無敵艦隊(duì)總司令。西班牙國民對他的壞消息感到驚訝，并表示深深的哀悼和哀嘆。圣克魯斯死后，腓力二世立即任命安達(dá)盧西亞地方總督，比圣克魯斯年輕24歲、38歲的西多尼亞接任無敵艦隊(duì)總司令。西多尼亞出身名門貴族，是一位德高望重的優(yōu)秀行政長官，多次出色地完成了為無敵艦隊(duì)補(bǔ)充物資和征兵的任務(wù)。

　　西多尼亞長途跋涉來到里斯本。他所面臨的俄羅斯現(xiàn)實(shí)是令人難以置信和驚人的混亂。自圣克魯斯暴卒以來，里斯本港艦隊(duì)的管理完全處于無政府狀態(tài)，缺乏權(quán)威、自信和能夠解決這種混亂的領(lǐng)導(dǎo)者。因此，扭轉(zhuǎn)這種混亂，使準(zhǔn)備工作步入正軌，是西多尼亞必須解決的緊急問題。然后他用了幾個私人工作人員。其中一名是卡斯蒂利亞加里昂艦隊(duì)司令迪戈，他護(hù)送東印度航線·弗洛雷斯·德·瓦爾德斯，潮汐和海流方面的專家，曾經(jīng)參與過加里昂船的設(shè)計，是一個非常有才華的人物。此外，迪戈還被任命為船員，經(jīng)驗(yàn)豐富，德高望重。·德·馬爾多納多和馬羅林·德胡安兩人是參謀。從重炮兵指揮官中借用意大利炮術(shù)專家擔(dān)任炮術(shù)參謀。西多尼亞和三個可靠的助手一起克服了許多困難，使艦隊(duì)的起航準(zhǔn)備工作順利進(jìn)行。

　　過去，以地中海為舞臺的西班牙艦隊(duì)主要是加里船之間的肉搏戰(zhàn)。因此，西班牙艦隊(duì)的艦載大炮比英格蘭艦隊(duì)要落后得多。為此，圣克魯斯寫信給國王，強(qiáng)調(diào)準(zhǔn)備大炮的必要性。此外，軍事會議還要求國王籌集大炮資金。最后，這一要求得到了腓力二世的批準(zhǔn)。

　　鑄造大炮在當(dāng)時是一項(xiàng)非常困難和復(fù)雜的技術(shù)，大多數(shù)優(yōu)秀的鑄造工匠都在英格蘭。與此同時，大炮的價格也很高，尤其是作為炮身材料比鑄鐵好得多的青銅，更有價值，能制造長炮身的卡巴林炮的設(shè)備也很少。因此，盡管由于西多尼亞的努力，無敵艦隊(duì)艦載大炮的質(zhì)量和數(shù)量都得到了極大的加強(qiáng)和提高，但遠(yuǎn)程大炮的缺乏仍然是無敵艦隊(duì)最大的弱點(diǎn)。為了加強(qiáng)主力艦加里昂船的備用炮，我們不得不采取權(quán)宜之計，在其他艦船上犧牲備用炮。

　　另一方面，加入艦隊(duì)的各種艦船數(shù)量也顯著增加。到1588年4月底，已有130艘船只被納入無敵艦隊(duì)。

　　到達(dá)里斯本的船只正忙于維修和維護(hù)。幾乎所有無敵艦隊(duì)的乘員都裝備了盔甲、長矛和火槍。炮彈的補(bǔ)充也相對順利。每個炮彈配備50枚炮彈。當(dāng)然，這個數(shù)字并不多，但它已經(jīng)大大超過了圣克魯斯最初要求的30枚炮彈。同時，根據(jù)意大利炮術(shù)專家的建議，它是原來的兩倍半。

　　西多尼亞成功地說服了腓力二世推遲出發(fā)日期，以加強(qiáng)和維護(hù)艦隊(duì) 因此，時間越來越受到艦隊(duì)內(nèi)部的信任。然而，無論他多么努力，他仍然無法解決食物和船員短缺非常嚴(yán)重的問題。這個問題沒有得到改善，而且越來越糟。雖然存在各種缺陷和困難，但我們不能忽視腓力二世反復(fù)發(fā)布的起航令。

　　1588年4月25日，西多尼亞陪同腓力二世代理總督來到里斯本大教堂。大主教宣讀了祈禱文，祈禱無敵艦隊(duì)一舉成功。