孫士毅在鎮(zhèn)南關(guān)收容逃回的官兵，但只有清軍總額的一半。此時(shí)，大量的糧械火藥都已經(jīng)丟失殆盡。后來(lái)，從云南的開化廳出兵，進(jìn)攻安南宣化鎮(zhèn)的烏大經(jīng)部。但是，他們?cè)谠獾睫r(nóng)民起義軍的反擊后，也只好倉(cāng)惶逃回國(guó)內(nèi)。

　　安南之役以清朝的失敗而告終。它沒有實(shí)現(xiàn)清朝預(yù)期的戰(zhàn)略目標(biāo)“為黎氏復(fù)國(guó)，消滅阮氏集團(tuán)。”

　　安南之役敗北，大批清朝將士殞命安南。乾隆皇帝令敗將孫士毅解任回京，調(diào)福康安補(bǔ)授兩廣總督，相機(jī)辦理安南事宜。

　　“安南之役”兩國(guó)交兵，使清前期的清安關(guān)系蒙上了一層陰影。但它并未長(zhǎng)久的影響清安關(guān)系的正常發(fā)展。隨著兩國(guó)政策的逐步調(diào)整，很快就驅(qū)除了戰(zhàn)爭(zhēng)的陰霾，迎來(lái)了兩國(guó)關(guān)系發(fā)展的燦爛前景。乾隆皇帝決計(jì)不再調(diào)兵進(jìn)剿安南。福康安也與乾隆皇帝的想法相吻合。