朱允炆選擇的下葬時間失當，成為燕王朱棣后來起兵造事，把他攆出皇宮的第一理由。
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現在，關于朱元璋的死亡時間，眾說紛紜。有說是洪武三十一年(1398年)閏五月初九，有說是閏五月初五，有說是閏五月十七日等。為何會有這么多種說法，表面的原因是史書上記載的模糊。如《明史 惠帝紀》只是說明朱元璋閏五月死的，而哪一天并沒有說。 但對于下葬時間倒說得很具體，可以確定是洪武三十一年閏五月十六日。
由此推斷，死后的第七天朱元璋下葬，所以當年的閏五月初九就是死亡時間。對于朱元璋到底是哪天死的按說應該是很清楚的事情，而史書上寫得模糊與朱允炆為掩人耳目，故意混淆是非給朱元璋選擇下葬時間相關。
的確，堂堂一位開國之君，死后幾天就下葬了，而分封在外地的王子們卻沒有趕回來明顯不正常。所以，朱棣在聽說侄兒把他老子匆匆埋了后，十分生氣。談遷的《國榷》記載，朱棣以為父親奔喪為名，要找朱允炆，這為他以后篡位找到了第一理由。
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朱允炆到底是哪一天把祖父葬了的說法很多，明人朱國楨在《皇明大政記》稱是有六月初一。《明史本紀》稱是五月十六，而《通紀》及《建文朝野類編》都記載是閏五月二十九日。徐乾學在《讀禮通考》又稱，不是死后七天下葬的，而是七個月后，理由是，朱允炆是很講禮制的皇帝，不應那么快就把祖父給葬了。
如今史學界大多認為，朱允炆確實是“速葬”了朱元璋。有史書上稱朱允炆敢冒天下之大不韙是因為這是朱元璋自己選擇的時間，而秘史更稱，朱允炆實際上在即位的前一天就把朱元璋給下葬了。原因是朱元璋擔心自己死后出亂子，留下遺言要朱允炆從速辦自己喪事的。而朱允炆除了“遵旨”也有私心——急于即位。而從天氣的角度考慮，速葬朱元璋也有道理。南京素有“火爐”之稱，閏五月時已天氣炎熱，不早埋了容易發臭。
但決定下葬后發生了什么也成為了一個謎團。
靈異事件：在南京民間有個傳說，朱元璋下葬那天出現了“迷魂陣”，就是南京的十三個城門同時出殯。對此迷魂陣有史書疑是假象，因為葬后不久傳出朱元璋不是葬在孝陵，而獨葬朝天宮。而民間也有說法稱當年孝陵內每到夜里便傳出馬皇后的哭聲，原因是守著孤墳悲傷所致。
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但后來對于迷魂陣一說還存在著許多爭議。有人說如果葬在孝陵內，就沒必要搞假象;有人說朱允炆不會忍心把朱元璋葬在陵外的地方;還有人說朱元璋葬在北京的萬歲山，但后來經過考證，該說法并不可信。
數年的科學探測、考古證明明孝陵地宮確實存在，但并不能證明朱元璋的尸骨就在地宮中，真相恐怕只有等到開挖明孝陵的那一天才能得知!因此在往后相當長的時間內，朱元璋到底葬在哪仍將是一個謎!